The FRIPS Method can be applied for the middle down MS Approach Using Metalloendoprotease Lys-N
- 발행기관 서강대학교 일반대학원
- 지도교수 오한빈
- 발행년도 2015
- 학위수여년월 2015. 8
- 학위명 석사
- 학과 및 전공 일반대학원 화학과
- 실제URI http://www.dcollection.net/handler/sogang/000000056093
- 본문언어 한국어
- 저작권 서강대학교 논문은 저작권보호를 받습니다.
초록/요약
Bottom up 방식의 단백질 연구는 가장 많이 사용되는 방법이다. 그러나 sequence coverage면에서 한계점이 있다. 따라서 더 나은 sequence coverage를 얻기 위해, 상보적인 도구로써, Bottom up 방식과 병행한 Middle down방식이 제안되고 있다. 본 연구에서는, 위에서 설명한 Middle down 방식의 단백질 연구 방법에 TEMPO를 이용한 FRIPS 방법을 적용하여, 연구를 확장시키려한다. 이에 앞선 선행 연구로써, 3000 Da정도의 큰 질량을 갖는 mellitin, CF 211-3과 같은 펩타이드에 라디칼 골격 단편화를 확인할 수 있는 TEMPO FRIPS 질량 분석 방법을 적용하는 실험을 수행하였다. 이를 통해 Middle down 방법의 단백질 연구 방법에 TEMPO FRIPS의 적용 가능성을 확인하였다. 위 실험에서, 전도유망한 결과를 얻었으며, BSA의 단백질 분해 효소 Lys-N을 이용한 소화 후 생성된 펩타이드에 FRIPS 방법을 적용하였다. Lys-N은 단백질 서열 내의 라이신 아미노산의 N 말단을 절단하여 펩타이드를 생성한다. 그래서 Lys-N을 이용하여 단백질을 소화하였을 때, Bottom up 방법에서 주요하게 사용되는 트립신과 비교하여, 긴 서열의 펩타이드를 얻을 수 있다. 또한, TEMPO 라디칼 개시제를 부착함에 있어서, 구아니딘 치환 반응과 같은 추가적인 반응을 피하면서 높은 수율의 펩타이드-라디칼 개시제 복합체 분석 결과를 얻을 수 있을 것이라고 예측된다.
more초록/요약
The bottom-up MS approach is most widely applied to identify and characterize proteins. However, there exists a weakness that the sequence coverage is rather low. To achieve a better sequence coverage, the middle down MS approach has been suggested as a complementary tool, which is run in parallel with the bottom-up MS. With this information, we have sought to extend the TEMPO-assisted FRIPS (free radical initiated peptide sequencing) MS approach to the middle down MS of proteins. As a preliminary study, first, we have explored the possibility of characterizing a relatively large peptide of melittin of ~3 kDa using TEMPO-assisted FRIPS MS, which showed extensive backbone fragmentations. Motivated at the promising results for melittin analysis, we applied the FRIPS methods to peptides produced by Lys-N digestion of BSA. As Lys-N cleaves at N-terminal side of lysine amino acid, it is expected that a longer peptide sequence can be obtained than bottom up method peptides. For the longer peptides, it was revealed that extensive a-, c-, x-, and z-type fragments were generated in FRIPS MS.
more